分析：生物進化的證據有化石證據、比較解剖學上的證據、胚胎學上的證據，化石是指保存在巖層中的古生物遺物和生活遺跡；比較解剖學是對各類脊椎動物的器官和系統(tǒng)進行解剖和比較研究的科學，生物進化在比較解剖學上最重要的證據是同源器官；胚胎學是研究動植物的胚胎形成和發(fā)育過程的科學，也為生物進化論提供了很重要的證據，如脊椎動物和人的胚胎早期都有鰓裂和尾．
解答：解：在研究生物進化的過程中，化石是最重要的、比較全面的證據，化石在地層中出現(xiàn)的先后順序，說明了生物是由簡單到復雜、由低等到高等、由水生到陸生逐漸進化而來的，始祖鳥化石說明了鳥類是由古代的爬行動物進化來的等；而比較解剖學上的同源器官只是證明了具有同源器官的生物具有共同的原始祖先；胚胎學上的證據（如鰓裂）只是說明了古代脊椎動物的原始祖先都生活在水中．選項中，B、D屬于比較解剖學方面的證據，C屬于胚胎學方面的證據．
故選：A
點評：此題考查了生物進化的證據．
分析下面生物進化的大致過程圖，請回答